若借款协议超过了三年期限并不意味着绝对无法进行法律诉讼。
通常情况下，依据我国《民法总则》规定，个人或组织向人民法院提出请求保护其民事权益的诉讼时效期为三年。
然而，若出现诸如诉讼时效中断、中止等特殊情况，诉讼时效期便可能需要重新计算或暂时停止计算。
具体而言，诉讼时效期应从权利人明确知晓或应当知晓自身权益受到了损害以及义务人开始计算。
如遇特殊情况，人民法院有权根据权利人的申请决定适当延长诉讼时效期。
举例来说，若在诉讼时效期内，您曾向对方提出过还款要求，或者对方曾作出过还款承诺，那么诉讼时效将会被视为已经中断，并需重新计算三年时间。

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。