1、工程款超过起诉的诉讼时效最好通过友好协商的方式解决，促进当事人双方就原借条、欠条达成还款协议。还办法包括录音催讨法、银行转账法、协商对账法、故意主张法，通话的内容应当包含对方的欠款数目、主张债权的起始时间及还款的时间；
2、同时，可以继续向法院起诉或者查找是否存在诉讼时效中断的事由。

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。