对于房屋抵押合同被认定为无效的情况，一般的处理方法如下：
若该协议已进行有效抵押登记备案，则需要依法向相关部门申请撤销该登记；
若基于此无效合同而获得了任何形式的财产利益，应将其全数归还；
在这种情况下，如有过错的一方应当对因自身行为而给对方造成的直接或间接经济损失负责赔偿，同样地，当双方皆有明显过失时，应依据公平合理的原则，分担各自应该承担的法律责任。

《中华人民共和国民法典》第一百五十七条
民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。