在质押协议正式生效之后，如若质押标的物发生毁灭或消失的情况，通常情况下是要由质权人来承担相关损失的。
原因在于，质押生效即意味着质押财产已被质权人占据和控制，因此，在此期间之内，质权人对该质押财产拥有着妥善保存和监护的法定义务。
如果质权人由于其自身管理不当的行为导致质押财产遭受物理上的损害或者彻底消失，那么他们便需要为自己的过失行为承担相应的赔偿责任。

《民法典》第四百三十二条
质权人负有妥善保管质押财产的义务；因保管不善致使质押财产毁损、灭失的，应当承担赔偿责任。
质权人的行为可能使质押财产毁损、灭失的，出质人可以请求质权人将质押财产提存，或者请求提前清偿债务并返还质押财产。