1、保证期间首先允许约定，而除斥期间为法定期间。
2、保证期间届满，消灭的是债权。而除斥期间届满，消灭的是形成权。
3、在保证期间内，债权人请求保证人承担保证债务，保证人若无抗辩权的行使，保证期间功成身退，诉讼时效期间取而代之。除斥期间不存在这个现象。
4、保证期间的起算点的确定如同上述，除斥期间的起算点则比较复杂。

<民法典>第一百五十二条
有下列情形之一的，撤销权消灭：
(一)当事人自知道或者应当知道撤销事由之日起一年内、重大误解的当事人自知道或者应当知道撤销事由之日起九十日内没有行使撤销权;
(二)当事人受胁迫，自胁迫行为终止之日起一年内没有行使撤销权;
(三)当事人知道撤销事由后明确表示或者以自己的行为表明放弃撤销权。
当事人自民事法律行为发生之日起五年内没有行使撤销权的，撤销权消灭。