通常来讲，医疗纠纷的处理得等到治疗终结的时候。
治疗终结其实就是说患者的病情经过了特定阶段的医治后，他的身体状况达到了一种相对平稳的状态，也就不再有那种需要进一步去治疗或者病情会发生变化的情况了。
在这个时候去处理医疗纠纷，就能够更精准地去评估医疗行为和患者所受到的损害后果之间的那种因果关系等非常关键的问题。
要是在治疗还没有终结的时候就去处理医疗纠纷，很有可能因为患者病情的那种不确定性，从而对医疗行为的责任认定产生影响。
不过，也不是说就一定非得要等到治疗完全结束了才去处理，在某些特殊的情况下，像是患者的病情已经稳定了，但是后续还需要进行长期的康复治疗，那就可以根据实际的情况，在合适的阶段开始启动纠纷处理的程序。
不过这可需要综合考虑很多方面的因素，得非常谨慎地去做出判断才行。