交了灵活就业社保费不需要再交农村合作医疗保险费，不能同时享受两者待遇。
职工基本医疗保险费由用人单位与劳动者共同缴纳。劳动者灵活就业的，可以自己向社会保险费征收机构缴纳社会保险费，但只能缴纳职工基本养老保险费和职工基本医疗保险费。
新型农村合作医疗保险由农民自己缴费，有条件的乡镇集体经济组织，应对本地新型农村合作医疗给予适当扶持。地方财政每年对参加新型农村合作医疗农民给予资助。
职工基本医疗保险缴费达到国家规定年限的，退休后不再缴纳基本医疗保险费，按照国家规定享受基本医疗保险待遇。

《中华人民共和国社会保险法》第二十三条
职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。