农村合作医疗保险比例与就诊医院相关。报销是有起付线的。
1、乡镇级（一级医院）住院报销的比例是85%，起付线是200元；
2、县级（二级医院）住院报销的比例是70%，起付线是500元；
3、市级（三级医院）住院报销的比例是55%，起付线是700元；
4、省级（三级医院）住院报销的比例是50%，起付线是1000。

《社会保险法》第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。