1、缴费方式不同，社保是个人和单位各缴一部分，新农合是个人承担全部；
2、缴费时间不同，社保是按月缴纳，新农合是按年缴纳；
3、缴纳标准不同，社保是根据个人工资基数缴纳，新农合是依据每年缴纳标准统一缴纳；
4、包含内容不同，社保包含养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险，新农合只是医疗保险。

《社会保险法》第二条
国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。第六十条用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，可以直接向社会保险费征收机构缴纳社会保险费。