农村合作医疗重大疾病报销如下：医院垫付大病保险赔付资金，出院后到参保单位申请报销。在有限的报销时间内，准备户口本、身份证、新农合参合缴费票据、住院发票、费用清单等报销的凭证，资料通过审核加盖新农合重大疾病诊治专用章。

《社会保险法》第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。