医疗纠纷司法鉴定流程如下：双方当事人共同向医学会申请或一方当事人向卫生行政部门申请，卫生行政部门同意后将其交给医学会组织鉴定，医学会接受鉴定委托后，会让医患双方提交相关材料，并在45天内出具结论，当事人对结论不服的，可在收到结论的15天内提出再次鉴定的申请。

《医疗事故处理条例》第二十条
卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
第二十一条
设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县（市）地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作。省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作。
必要时，中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。