医疗事故鉴定流程如下：
一方当事人向卫生行政部门申请鉴定，卫生行政部门受理后，会将其交给专业的医学会进行鉴定，医学会会在45天内出具相关结论，当事人对首次鉴定结论不服的，可在15天内提出再次鉴定的申请。

《医疗事故处理条例》第二十条
卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；
医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。