由于非法行医者拒不承认，又缺乏其他确凿的证据，所以要直接成功地控告其非法行医，确实存在一定的难度。
大家要知道，非法行医必须要有相关的证据来加以证实才行，像是诊疗过程中留下的记录，患者对就医情况的证言，以及对行医现场的勘查结果等等。
要是没有直接的证据，那我们也不能轻易放弃，可以试着去收集一些间接的证据，以此来构建起一个完整的证据链条。
比如说相关部门对行医场所进行检查后所留下的记录，还有同行业的人员对该非法行医者情况的反映等等。
并且，我们还可以向相关的部门提出申请，让他们去进行调查取证工作，比如卫生监督部门等。
然而，如果经过各种努力，确实无法获取到足够的证据，仅仅依靠非法行医者不承认这一种情况的话，那么要控告其非法行医，可能就会遇到很多的困难。
总之，在面对这种情况的时候，我们一定要综合考虑各种因素，尽最大的努力去收集证据，只有这样，才能够更好地维护我们自身的合法权益。