财产评估费用的确定方式通常有以下几种：
1.协商确定：
双方可就评估机构及费用标准进行协商。
具体协商时，会综合多方面因素。
比如财产的价值，价值越高，评估工作量可能越大，费用相应可能越高；评估的复杂程度也很关键，像一些涉及特殊资产、复杂产权关系的评估，难度大，费用也就会高些。
根据这些因素协商出具体的金额。
2.按比例收费：
部分评估机构会依照评估财产价值的一定比例收取费用。
一般比例在0.2%-1%左右。
不过，具体比例会因地区经济水平、评估机构自身成本及市场竞争情况等因素有所不同。
3.政府指导价：
某些地区会制定财产评估的政府指导价，评估机构需按此收费，以规范市场秩序。
进行财产评估时，要选择有资质、专业能力强的评估机构，保证评估结果准确公正。
同时，费用应合理，防止过高或过低支出。

案情回顾:

小朱和小李因合作纠纷需对共同财产进行评估，在评估费用确定方式上产生争议。小朱主张按协商确定，考虑财产价值和复杂程度定价；小李则认为应按比例收费；当地又有政府指导价，评估机构应按此收费，双方僵持不下。

案情分析:

1、协商确定方式有其合理性，财产价值高、评估复杂时费用理应高些，能体现评估工作量和难度，但需双方充分沟通、综合考虑各因素达成一致，否则易产生分歧。
2、按比例收费相对直观，但比例受地区、机构成本等影响，不同地区和机构收费差异可能较大，可能导致双方对费用合理性存疑。
3、政府指导价旨在规范市场，但若市场变化快，指导价可能滞后，不一定完全符合实际评估成本。