通常而言，在旅馆居住过程中被扣除保证金的原因主要集中在以下几个方面：
首先，旅客可能因为不当行为对旅馆房间内的设施设备造成了损害，这些设施设备包括但不仅限于电器、家具等等；
其次，旅客可能违反了旅馆的相关规定，例如在房间内吸烟引发烟雾警报器的误报，或者未经许可擅自携带宠物进入旅馆等；
再次，旅客可能超过了预订的住宿期限却并未进行续费，并且在旅馆规定的退房时限内仍未办理退房手续；
最后，旅客可能在使用旅馆提供的有偿消费品后未能及时支付相应的费用。
总的来说，旅馆扣除保证金必须具备明确的法律依据以及充足的证据支持，若您认为旅馆扣除保证金的行为存在不合理性，您有权依照相关法律法规维护自身合法权益。