关于抚养权归父亲但由母亲代养这一情况，是可以实现的，不过需要父母双方协商一致并作出明确约定。
以下为你详细分析：
1.遵循法律规定：
我国《民法典》对此有明确规定，父母双方拥有协议确定子女抚养权归属的权利。
在双方能够协商达成一致意见的基础上，即便抚养权确定归父亲所有，也能够约定由母亲来代养孩子。
这一规定充分尊重了父母双方的意愿，旨在为孩子的成长提供更适宜的环境。
2.签订代养协议：
为了有效避免后续可能出现的各类纠纷，父母双方应当签订一份书面的代养协议。
这份协议需要明确代养的具体内容。
3.保障孩子权益：
无论抚养权最终归属于哪一方，代养的安排都必须将保障孩子的合法权益放在首要位置。
要确保孩子在代养期间能够拥有良好的生活条件，接受优质的教育，得到充分的关爱。
倘若后续生活中出现了一些无法预料的情况变化，比如母亲的生活环境发生重大改变等，双方可以再次进行协商，根据实际情况变更抚养安排。

案情回顾:

小朱和小丽离婚后，经协商抚养权归小朱，但因小丽更方便照顾孩子，双方约定由小丽代养。后因小朱探视孩子的频率及抚养费支付问题产生争议，小丽认为小朱未按约定履行，小朱则称有特殊情况。

案情分析:

1、根据法律规定，父母有协议确定抚养权归属的权利，小朱和小丽当初协商一致的抚养权及代养约定是合法有效的，双方应遵守。
2、双方应签订书面代养协议明确相关内容，如代养期限、抚养费数额及支付方式、探视权安排等，此次争议凸显出他们此前约定不够明晰。
3、保障孩子权益是关键，无论如何安排，都要确保孩子生活、教育等不受影响，若一方情况有变，应协商变更抚养安排。