通常来讲，法院在判决两个孩子的抚养权时，主要会依照这些原则。
对于两周岁以下的子女，一般情况下是跟着母亲生活的。
不过要是母亲有以下这些情况，那就可以跟着父亲：要是母亲患有那种怎么治都治不好的传染性疾病，或者其他特别严重的疾病，那孩子跟着她一起生活就不太好了；要是母亲有抚养孩子的条件却不履行抚养义务，而父亲要求孩子跟着他生活，这种情况也可以；还有就是因为其他一些原因，孩子确实没办法跟着母亲生活。
而对于两周岁以上的未成年子女，父亲和母亲都希望孩子跟着自己生活。
要是父亲有这些情形之一，就可以优先考虑：已经做了绝育手术，或者因为其他原因丧失了生育能力；孩子跟着他生活的时间比较长，要是突然改变生活环境，对孩子的健康成长明显不利；他没有其他孩子，但是另一方有其他孩子；孩子跟着他生活，对孩子的成长有好处，然而另一方患有那种怎么治都治不好的传染性疾病，或者有其他不利于孩子身心健康的情况，不适合和孩子一起生活。
要是父母双方对十周岁以上的未成年子女随父还是随母生活产生分歧了，那就应该考虑这个孩子自己的意见。
具体到每个案件，还得把实际情况都综合起来好好考量一番。

案情回顾:

小朱和小李离婚，育有两个孩子。小女儿不满两周岁，小朱患严重传染性疾病久治不愈，双方就小女儿抚养权产生争议；大儿子八周岁，一直随小李生活，小朱绝育且主张大儿子抚养权，双方对此争执不下。

案情分析:

1、对于小女儿抚养权，因其不满两周岁，一般应随母亲小李生活，但小朱患久治不愈的传染性疾病，这种情况下从有利于孩子健康成长角度，小女儿抚养权可能判给小朱。
2、对于大儿子抚养权，小李与孩子共同生活时间长，改变环境可能不利其成长；而小朱绝育丧失生育能力，按相关原则，此情形可优先考虑，综合看需结合实际确定大儿子抚养权归属。