怀孕期间离婚时孩子抚养权的归属问题，一般情况下孩子会归女方。
以下为你详细分析：
一、基于法律原则孩子归女方的原因
依据我国相关法律规定，离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养作为原则。
怀孕期间的孩子尚未出生，出生后通常会处于哺乳期内。
在这个阶段，孩子对母亲的依赖程度较高，母亲的照顾更为细致和周到。
所以，从孩子成长的角度出发，一般由母亲抚养更为合适。
二、特殊情况下孩子可能归父亲
不过，也存在一些特殊情形。
如果母亲患有严重疾病或者传染性疾病，像一些具有较强传染性的肝病、艾滋病等，这些疾病可能会对孩子的身心健康造成严重影响。
又或者母亲虽然有抚养孩子的条件，但却不尽抚养义务，而此时父亲一方要求抚养孩子，并且自身具备抚养孩子的条件和能力，
三、尊重双方抚养协议
父母双方还可以通过协商来确定孩子抚养权的归属。
只要双方协商一致，并且这种安排对孩子的成长没有不利影响，法院通常会尊重双方达成的协议。

案情回顾:

小朱与小李在小李怀孕期间协议离婚，就孩子抚养权产生争议。小朱认为自己条件好应得抚养权，小李则主张按法律规定孩子应归自己。小朱指出小李有轻微传染性疾病，而小李称会积极治疗不影响孩子。双方协商不成诉至法院。

案情分析:

1、一般情况下，依据法律规定，不满两周岁子女以母亲直接抚养为原则，小李怀孕期间孩子未出生，出生后通常处哺乳期，母亲照顾更细致，从孩子成长角度看抚养权一般归小李。
2、小朱称小李有传染性疾病，若疾病可能严重影响孩子身心健康，且小朱有抚养条件和能力，法院综合考虑后可能将抚养权判给小朱。
3、若双方能协商一致确定抚养权归属，且对孩子成长无不利影响，法院会尊重双方协议。