结婚合同协议的效力判定需要依据具体情况进行分析，以下为您详细阐述：
一、涉及人身关系部分通常无效
结婚作为一种具有强烈人身属性的法律行为，有着严格的法律规定。
结婚必须符合法定的结婚条件，例如男女双方需达到法定婚龄、不存在禁止结婚的亲属关系以及未患有医学上认为不应当结婚的疾病等；同时，也需遵循法定的结婚程序，进行结婚登记。
在结婚合同协议中，若涉及限制一方提出离婚自由、限制生育等关乎人身权利的约定，这类约定往往是无效的。
因为这些约定违反了法律的强制性规定以及公序良俗。
离婚自由是法律赋予公民的权利，任何协议都不能随意剥夺；而生育权也是公民的基本权利，不能通过合同进行不合理的限制。
二、财产等方面的合理约定有效
夫妻财产方面的约定在符合一定条件时是有效的。
对于夫妻财产的归属、管理、使用、处分等内容，只要不违反法律的强制性规定，并且是双方真实意思的体现，通常会被认定为有效。
比如，夫妻双方可以约定婚后各自的收入归各自所有，或者约定部分财产为共同所有等。
总之，判断结婚合同协议是否有效，关键在于其内容是否符合法律规定和公序良俗。
若协议内容存在违反法律强制性规定或者损害公共利益等情况，相关条款就会被认定为无效。

案情回顾:

小朱和小李签订结婚合同协议，协议中约定小李不得主动提出离婚，且婚后两年内必须生育子女，同时还约定婚后各自收入归各自所有。后小李因家庭矛盾想离婚并主张协议中限制离婚及生育条款无效，双方就协议效力产生争议。

案情分析:

1、协议中限制小李离婚自由及生育的约定无效。结婚具有人身属性，离婚自由是公民权利，生育权也是基本权利，此类约定违反法律强制性规定和公序良俗。
2、关于婚后各自收入归各自所有的约定有效。夫妻财产方面约定，只要不违反法律强制性规定且是双方真实意思体现就有效，此约定符合相关条件。