当婚内财产协议已经生效后，若对方反悔并且拒绝办理过户手续，这时可以依据该协议向法院提起诉讼来维护自身权益。
具体操作如下：
1.确认协议合法性：要明确协议的合法性与有效性。
比如，协议内容不能违反法律的强制性规定，需是双方真实意愿的体现。
法院在审理时，会仔细审查协议的签订过程，包括签订时的场景、双方是否存在胁迫等情况，以及双方的意愿是否真实等因素。
2.准备相关证据：诉讼过程中，相关证据的准备至关重要。
例如协议的文本原件，它能直接证明协议的存在及具体内容；转账记录等则可以辅助证明财产的归属情况。
3.注意诉讼时效：需特别注意诉讼时效问题，一般为三年，从知道或者应当知道自身权利被侵害时开始计算。
若超过这个时效，对方可能会以此作为抗辩理由，使得自身权益难以得到有效保护。
总之，要借助法律途径，保障婚内财产协议得以顺利履行。

案情回顾:

小朱与小李签订的婚内财产协议生效后，小李反悔且拒绝办理房产过户手续。小朱欲起诉维权，但不确定协议是否合法有效，也不清楚要准备哪些证据，还担心诉讼时效问题。

案情分析:

1、关于协议合法性，法院会审查签订场景、有无胁迫等，若协议是双方真实意愿体现且不违反法律强制性规定，就合法有效。
2、证据准备方面，协议文本原件能证明协议内容，转账记录等可辅助证明财产归属。
3、诉讼时效为三年，从小朱知道或应当知道权利被侵害时起算，超时效小李可能以此抗辩。