法院判决离婚后，若存在财产未分割的情况，是可以进行公证的。
下面为你详细阐述相关内容：
一、法律依据
公证是公证机构依据自然人、法人或者其他组织的申请，按照法定程序，对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性加以证明的活动。
在离婚后，若有财产尚未分割，而双方能够就分割事项达成一致协议，且该协议内容不违背法律法规的强制性规定，那么这样的协议就具备了进行公证的条件。
例如，夫妻双方对于未分割的房产，明确约定各自的份额及后续处置方式等，只要符合法律要求，就可以申请公证。
二、公证作用
公证后的财产分割协议具有更高的证据效力。
在后续可能出现的纠纷中，其作用十分显著。
这样一来，法院在查明事实时就会更加便捷，能够更高效地解决双方之间的纠纷，减少不必要的争议和审理时间。
三、注意事项
需要注意的是，公证并非财产分割协议生效的必经程序。
不过，在进行公证时，一定要确保协议内容清晰明确，不能存在模糊不清的地方。
同时，双方必须是自愿签署协议，不存在胁迫等情况。
此外，协议内容也不能损害他人的合法权益，否则公证将无法顺利进行。

案情回顾:

小朱和小李经法院判决离婚后，存在部分财产未分割。二人就未分割财产达成协议，约定房产各自份额及处置方式等，但小朱后来对协议内容反悔，质疑协议效力，引发争议，而该协议此前已进行公证。

案情分析:

1、根据法律规定，双方就未分割财产达成的协议，若不违背法律法规强制性规定，具备公证条件。本案中小朱和小李最初达成的协议符合条件，公证是有效的。
2、公证后的协议有更高证据效力。当小朱反悔质疑时，公证协议能有力证明双方真实意思表示，法院可据此更便捷高效地处理纠纷。
3、若协议内容清晰明确、双方自愿签署且不损害他人合法权益，公证就能顺利进行，本案中前期公证说明协议符合这些要求。