关于协议书的诉讼时效，一般情况下是三年。
具体计算方式是从权利人知道或者应当知道权利受到损害，以及明确知道义务人之日起开始计算。
不过，法律若是另有特别规定，那就应当依照相关规定执行。
主要有以下几种不适用诉讼时效规定的情形：
1.当权利人请求停止侵害、排除妨碍或者消除危险时，这类请求权不受诉讼时效限制。
比如，他人正在非法侵害自己的土地使用权，权利人请求停止该侵害行为，就不适用诉讼时效。
2.不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产，也不适用诉讼时效规定。
例如，房屋所有权人请求返还被他人非法占有的房屋。
若诉讼时效期间届满，义务人有权提出不履行义务的抗辩。
但如果届满后，义务人同意履行，就不能再以时效届满为由抗辩；
若义务人已经自愿履行，也不得请求返还已履行的部分。

案情回顾:

小朱与小李签订协议书，后小朱认为小李违约侵害其权益。三年后小朱起诉小李，小李以超过诉讼时效抗辩。此外，小胡非法侵害小静土地使用权，小静请求停止侵害；小丽房屋被非法占有，小丽请求返还房屋，相关方对是否适用诉讼时效存争议。

案情分析:

1、小朱与小李案中，若小朱在知道权利受损及明确义务人之日起超三年起诉，一般情况下诉讼时效已过，小李抗辩合理，除非有法律特别规定。
2、小静请求小胡停止侵害土地使用权，此为请求停止侵害情形，不适用诉讼时效规定。
3、小丽请求返还被非法占有的房屋，属于不动产物权权利人请求返还财产，不适用诉讼时效规定。