关于房屋灭失后法院能否查封的问题，下面进行详细分析：
1.一般情况下不能查封：
查封作为人民法院常用的临时性执行措施，是对被申请人的有关财产贴上封条，就地封存，禁止任何人对其进行转移和处理。
当房屋灭失时，原本作为具体财产形态的房屋实体已不复存在。
在这种情况下，按照常规的查封逻辑和法律规定，是不能再对已灭失的房屋进行查封操作的。
2.特殊情况的考虑：
在某些特殊情形下，虽然房屋本身灭失了，但可能会产生相应的补偿款、赔偿金等代位物。
例如，房屋因征收而灭失，政府会给予相应的征收补偿款；或者因他人侵权导致房屋损毁，侵权方需支付赔偿金等。
这些代位物在法律上与原房屋存在紧密关联，是原房屋价值的一种转化形式。
此时，为了保障相关权利人的合法利益，法院可以对这些代位物采取查封等执行措施。
综上，单纯就已灭失的房屋本身而言，法院一般不能进行查封；但如果存在与房屋相关的代位物，法院会根据具体情况对代位物进行查封。

案情回顾:

小朱与小李存在债务纠纷，小朱向法院申请查封小李的房屋。然而，在法院准备查封时，该房屋因自然灾害已完全坍塌灭失。但之后政府因相关规划对该地给予了一定补偿款。小朱主张应查封补偿款，小李则认为房屋已灭失不能查封，争议由此产生。

案情分析:

1、一般情况下，房屋灭失后其物理形态消失，法院失去直接查封的具体对象，就如本案中房屋因自然灾害坍塌，按照常规查封逻辑和法律规定，不能对已灭失的房屋进行查封操作。
2、特殊情况下，房屋虽灭失但产生了补偿款等代位物，该代位物与原房屋紧密关联，是房屋价值的转化形式。本案中政府给予的补偿款，法院可根据具体情况对其采取查封等执行措施。