如果在农村遇到房屋登记错误的情况，别着急，可按照以下步骤妥善办理：
一、收集证据
要全面收集能够证明房屋真实权属以及登记存在错误的各类证据材料。
历史档案也很关键，此外，证人证言也有一定作用，邻居等熟悉情况的人可以提供房屋实际归属的相关信息。
二、提出申请
准备好材料后，向房屋所在地的不动产登记机构提出更正登记申请。
申请时，要提交详细的申请书，写明申请更正的原因、房屋具体情况等。
同时，提供身份证明，证明自己的身份信息。
当然，之前收集的那些证明登记错误的相关材料也要一并提交。
三、审核处理
不动产登记机构收到申请后，会仔细审核申请及提交的材料。
如果经核实情况属实，就会予以更正登记。
但要是不动产登记机构认为不具备更正条件，申请人可以依法申请异议登记。
并且，要在异议登记之日起15日内提起民事诉讼，通过司法途径来解决房屋登记错误问题。
最终，凭借生效的法律文书，再去办理更正登记。

案情回顾:

小朱在农村发现自家房屋登记错误，他收集建房审批表、发票等证据，找邻居作证人证言后，向不动产登记机构申请更正登记。但机构认为不具备更正条件，小朱随后申请异议登记，并在规定时间内提起民事诉讼，争议点在于登记机构对更正条件的认定。

案情分析:

1、小朱收集各类证据材料是合理且必要的，建房审批表、发票等能有力证明房屋真实权属，证人证言可作辅助。
2、不动产登记机构在审核时应秉持客观公正原则，若认为不具备更正条件需有充分依据。
3、小朱依法申请异议登记并提起民事诉讼，是通过合法途径解决问题，最终可凭生效文书办理更正登记。