农村以房换房在实际操作中涉及多方面的法律问题，需要谨慎对待并按以下要点妥善处理：
一、房屋产权明晰
在进行农村房屋交换前，必须确保参与交换的房屋产权清晰明确。
这是保障交易顺利进行的基础。
要仔细查看相关证件，比如宅基地使用证、房屋所有权证等。
同时，要全面排查房屋是否存在产权纠纷，比如是否有家庭成员对房屋产权存在争议；是否存在抵押情况，像房屋主人是否将其抵押给银行或其他金融机构来获取贷款；是否被依法查封，例如因涉及司法案件而被相关部门查封等限制交易的情形。
只有在产权清晰无纠纷的前提下，才能进行房屋交换。
二、主体资格合适
交换双方一般应为同一集体经济组织成员。
这是因为农村宅基地具有一定的特殊性，是集体分配给本集体经济组织成员用于居住的。
非本集体经济组织成员之间的房屋交换，很可能因违反宅基地相关规定而导致交换行为无效。
三、签订书面协议
双方应签订详细的书面协议，明确各自的权利和义务。
协议中要涵盖房屋的具体情况，如房屋的面积、结构、装修状况等；明确交换方式，是直接互换还是有其他附加条件；确定交付时间，保障双方能按时交接房屋；还要规定违约责任，以防一方出现违约行为时能有相应的处理依据。
四、办理变更登记
完成交换协议签订后，要持相关材料到当地不动产登记部门办理房屋产权变更登记手续。
因为根据法律规定，未经登记，不发生物权变动的效力。
总之，农村以房换房要严格遵循相关法律法规和政策，保障交易的合法性和有效性。

案情回顾:

小朱和小李同为某农村集体经济组织成员，协商以房换房。但小朱的房屋存在产权争议，其家庭成员小胡认为自己也有产权份额。且双方未签订书面协议，换房后也未办理变更登记，之后因房屋归属问题产生纠纷。

案情分析:

1、房屋产权方面，小朱房屋存在家庭成员间的产权争议，在产权不清晰的情况下进行换房，不符合法律要求，该换房行为的基础存在瑕疵。
2、主体资格上，虽双方为同一集体经济组织成员，但因产权问题仍影响换房有效性。
3、未签订书面协议，导致双方权利义务不明确，出现纠纷时缺乏依据。
4、未办理变更登记，依据法律规定，不发生物权变动效力，房屋的权属在法律上未得到确认。