房地产企业因客户退房而收取的违约金，收取的前提是房地产企业与客户之间的购房合同未能履行，房屋转让行为并未实际发生。因此，该部分违约金收入不能作为与转让房屋有关的收入计入销售收入计算营业税及附加、土地增值税等，但企业应作为一种营业外收入计算缴纳企业所得税。

《企业所得税法实施条例》第七条
企业所得税法第三条所称来源于中国境内、境外的所得，按照以下原则确定：
(一)销售货物所得，按照交易活动发生地确定;
(二)提供劳务所得，按照劳务发生地确定;
(三)转让财产所得，不动产转让所得按照不动产所在地确定，动产转让所得按照转让动产的企业或者机构、场所所在地确定，权益性投资资产转让所得按照被投资企业所在地确定;
(四)股息、红利等权益性投资所得，按照分配所得的企业所在地确定;
(五)利息所得、租金所得、特许权使用费所得，按照负担、支付所得的企业或者机构、场所所在地确定，或者按照负担、支付所得的个人的住所地确定;
(六)其他所得，由国务院财政、税务主管部门确定。