可以自行离职。
依据《中华人民共和国劳动法》规定，公司合并后，被合并公司的员工，因薪酬、岗位、福利等因素变化，员工有权自由选择去留。
若员工选择离开，公司需要对员工进行相应补偿。

《劳动法》第三十三条
企业职工一方与企业可以就劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利等事项，签订集体合同。集体合同草案应当提交职工代表大会或者全体职工讨论通过。集体合同由工会代表职工与企业签订；
没有建立工会的企业，由职工推举的代表与企业签订。