1.在财务方面有着不尽相同的规定及需求。
就查账征收方式而言，它对企业财务管理制度提出了较高层次的要求，企事业单位必须建立健全完备的会计账簿体系。
反之，实施核定征收方式对于企业的财务要求则相对较为宽松，即使没有专门的财务人员或不进行实际的账务操作都能满足相关规定。
2.各自具备的优势也是彼此间显著区别之处。
相对查账征收来说，其优势主要表现在，通过调整收入与成本之比来精确计算所需缴纳税款，从而有助于企业把握未来发展动向等问题。
3.经营过程中应纳的所得税有所差异。

《中华人民共和国税收征收管理法》第二十八条
税务机关依照法律、行政法规的规定征收税款，不得违反法律、行政法规的规定开征、停征、多征、少征、提前征收、延缓征收或者摊派税款。农业税应纳税额按照法律、行政法规的规定核定。
第二十九条
除税务机关、税务人员以及经税务机关依照法律、行政法规委托的单位和人员外，任何单位和个人不得进行税款征收活动。
第三十条
扣缴义务人依照法律、行政法规的规定履行代扣、代收税款的义务。
对法律、行政法规没有规定负有代扣、代收税款义务的单位和个人，税务机关不得要求其履行代扣、代收税款义务。扣缴义务人依法履行代扣、代收税款义务时，纳税人不得拒绝。纳税人拒绝的，扣缴义务人应当及时报告税务机关处理。
税务机关按照规定付给扣缴义务人代扣、代收手续费。