在公司资金受到冻结控制之后，税收部门有权从中扣除相应的税额。
值得注意的是，尽管企业银行账户中的存款数额超过了被冻结金额，但对超出的那部分款项，企业仍具有自主使用的权利。
然而，对于这些未被冻结的存款，税收部门仍然可以按照相关法律法规进行后期税款的追索，并依法向银行发出扣留手续以保证税款得以足额上缴。

《税收征收管理法》第三十八条
税务机关有根据认为从事生产、经营的纳税人有逃避纳税义务行为的，可以在规定的纳税期之前，责令限期缴纳应纳税款；在限期内发现纳税人有明显的转移、隐匿其应纳税的商品、货物以及其他财产或者应纳税的收入的迹象的，税务机关可以责成纳税人提供纳税担保。