夫妻离婚时夫妻共同经营的公司由双方自行协商如何处理，协商不成的可以起诉至法院由法院判决如何处理。
法院可以按照下列方式处理：
（一）一方主张经营该企业的，对企业资产进行评估后，由取得企业资产所有权一方给予另一方相应的补偿；
（二）双方均主张经营该企业的，在双方竞价基础上，由取得企业资产所有权的一方给予另一方相应的补偿；
（三）双方均不愿意经营该企业的，按照《中华人民共和国个人独资企业法》等有关规定办理。

《民法典》第一千零八十七条
离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。
对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。