申请小作坊食品生产许可证时，首先要办理公司登记，申办个体工商户的营业执照，并准备必要的设备、仪器。然后向当地的质监局提出申请，质监局受理申请后，将会派人到现场审核，并对食品进行抽检。检验合格的样品后，质监局就会发放食品生产许可证。小作坊食品加工许可证必须符合相关的规定方可办理。

《食品经营许可管理办法》第九条申请食品经营许可，应当先行取得营业执照等合法主体资格。企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等，以营业执照载明的主体作为申请人。机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位、企业等申办单位食堂，以机关或者事业单位法人登记证、社会团体登记证或者营业执照等载明的主体作为申请人。