总公司申请破产，分公司也要注销。
分公司不具有法人资格，不能独立承担民事责任，没有独立的公司名称及章程，其所有资产属于总公司，不是一个完整的公司。注销总公司后分公司营业执照、税务登记证书等资料也就没有了，因此在通常情况下，如果一个公司想注销，但是该公司下面还有分公司，应先注销分公司，再注销总公司。

《公司登记管理条例》第四十三条
公司申请注销登记，应当提交下列文件：
（一）公司清算组负责人签署的注销登记申请书；
（二）人民法院的破产裁定、解散裁判文书，公司依照《公司法》作出的决议或者决定，行政机关责令关闭或者公司被撤销的文件；
（三）股东会、股东大会、一人有限责任公司的股东、外商投资的公司董事会或者人民法院、公司批准机关备案、确认的清算报告；
（四）《企业法人营业执照》；
（五）法律、行政法规规定应当提交的其他文件。
国有独资公司申请注销登记，还应当提交国有资产监督管理机构的决定，其中，国务院确定的重要的国有独资公司，还应当提交本级人民政府的批准文件。有分公司的公司申请注销登记，还应当提交分公司的注销登记证明。