当以违法所得来进行出资入股时，其出资行为确实存在着明显的瑕疵。
在民事法律关系范畴内，依据相关法律条文，这样的出资行为很可能会被判定为无效出资。
这意味着公司以及其他股东有权要求该出资人及时补足合法的出资额，以确保公司资本的真实性和稳定性。
倘若出资人未能履行补足义务，可能会引发一系列的法律纠纷和经济损失。
从行政监管的角度去考量，一旦被相关的行政机关察觉，那么就极有可能面临行政处罚，像罚款这类措施便是常见的后果。
这种行政处罚旨在维护市场秩序和法律的严肃性。
而在刑事方面，如果违法所得的来源与刑事犯罪相关，比如是通过贪污、受贿等犯罪行为所获取的资金用来出资入股，司法机关在追究刑事责任时，会坚定不移地依法追缴这些违法投入到公司中的股份所对应的价值，将其全部没收并上缴至国库，以此彰显法律的威严和公正。
同时，对于背后的犯罪行为，也会进行相应的刑事处罚，以起到威慑和惩戒的作用，防止类似违法犯罪行为的再次发生。