法定代表人变更股东不同意的，召开股东会，作出变更法定代表人的决议，就可以向工商部门申请变更法定代表人。
变更法定代表人的流程：
1.首先应召开股东大会，形成有效的股东会决议。
2.然后根据股东会决议向工商管理部门申请变更法人代表，并提交相应的资料。
3.最后再去税务部门变更税务登记证。

《中华人民共和国公司法》第一百零三条
股东出席股东大会会议，所持每一股份有一表决权。但是，公司持有的本公司股份没有表决权。
股东大会作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权过半数通过。但是，股东大会作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。