一般情况下，协议书只要是在双方协商一致，是基于双方自由真实的意思，并且没有违反法律强制性的与社会的公序良俗，那么该协议就是合法有效的。
但是基于是劳动者与用人单位的特殊关系，即使双方协商一致达成的协议也不一定是有效的，例如约定竞业限制条款，但在竞业限制期限内不支付补偿，这种条款就是无效的，这是基于对劳动者权益的保护。

《民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性，不违背公序良俗。