食品流通许可证和食品经营许可证的区别在于：
流通许可证不包括加工，而经营许可证是合并了卫生许可证和流通许可证。
使用的对象不同，食品流通许可证是做食品批发、零售需要办理的，而食品经营许可证是包括不需要拿食品生产许可证的小作坊、餐馆、糕点铺和经营批发、零售的商店等。

《食品经营许可管理办法》第二条
在中华人民共和国境内，从事食品销售和餐饮服务活动，应当依法取得食品经营许可。食品经营许可的申请、受理、审查、决定及其监督检查，适用本办法。