1.主体不同，资金来源不同：
事业单位：
属于事业法人。
资金来源主要是国家财政拨款。
公司属于企业法人，资金来源主要是筹资或是股东投资。
2.设立目的不同：
事业单位：
大都是由国家机关和地方政府设立的。
不以盈利为目的，是为国家或社会服务，社会公共利益的需要。
公司以盈利为目的。
3.管理主体不同：
事业单位：
主要是由政府主管部门负责的。
事业单位往往有其隶属的政府主管部门。
政府主管部门主要是依靠行政管理的法规、规章、条例、命令和政策对事业单位进行领导和管理。
公司都是在法律法规允许的范围下，遵守企业（公司法）进行自我管理，对自己的行为负责。
4.分类不同：
公司的主要形式为无限责任公司、有限责任公司、两合公司、股份有限公司、股份两合公司，其区别于非盈利性的社会团体、事业机构等。
事业单位：
教育事业单位、科技事业单位、文化事业单位、卫生事业单位等。

《公司法》第六条
设立公司，应当依法向公司登记机关申请设立登记。
符合本法规定的设立条件的，由公司登记机关分别登记为有限责任公司或者股份有限公司；
不符合本法规定的设立条件的，不得登记为有限责任公司或者股份有限公司。
法律、行政法规规定设立公司必须报经批准的，应当在公司登记前依法办理批准手续。
公众可以向公司登记机关申请查询公司登记事项，公司登记机关应当提供查询服务。