专利实施许可的费用的确定方式为：根据双方的约定确定。如果双方没有就使用费进行约定或约定不明的，可以根据相关条款或交易习惯确认。仍无法确认的，根据专利本身的价值大小、专利实施难易程度、收益高低等因素进行确定。

《中华人民共和国专利法》第十二条
任何单位或者个人实施他人专利的，应当与专利权人订立实施许可合同，向专利权人支付专利使用费。被许可人无权允许合同规定以外的任何单位或者个人实施该专利。
第十三条
发明专利申请公布后，申请人可以要求实施其发明的单位或者个人支付适当的费用。
第十四条
专利申请权或者专利权的共有人对权利的行使有约定的，从其约定。没有约定的，共有人可以单独实施或者以普通许可方式许可他人实施该专利；许可他人实施该专利的，收取的使用费应当在共有人之间分配。
除前款规定的情形外，行使共有的专利申请权或者专利权应当取得全体共有人的同意。