公司改名专利权更名的方式如下：首先，申请人向国务院专利行政部门提交申请文件。且申请文件一般由申请人、专利权人、其他利害关系人或者其代表人签字或者盖章。然后，收到申请文件的专利行政部门依法审查。最后，审查通过的，核准变更，发给新的专利证书。

《中华人民共和国专利法实施细则》第一百一十九条，向国务院专利行政部门提交申请文件或者办理各种手续，应当由申请人、专利权人、其他利害关系人或者其代表人签字或者盖章；委托专利代理机构的，由专利代理机构盖章。请求变更发明人姓名、专利申请人和专利权人的姓名或者名称、国籍和地址、专利代理机构的名称、地址和代理人姓名的，应当向国务院专利行政部门办理著录事项变更手续，并附具变更理由的证明材料。