种子自留商用违法自留种子自用合法，用于商业目的违法，涉嫌扰乱农业秩序，商用应当取得植物新品种所有权人的同意，否则植物新品种所有权人可以根据他人或他人单位对种子侵犯的严重程度主张赔偿。县级以上人民政府农业农村、林业草原主管部门依法责令侵权人停止侵权行为，没收违法所得和种子，货值金额不足五万元的，并处一万元以上二十五万元以下罚款，货值金额五万元以上的，并处货值金额五倍以上十倍以下罚款。

《中华人民共和国种子法》第二十八条
植物新品种权所有人对其授权品种享有排他的独占权。植物新品种权所有人可以将植物新品种权许可他人实施，并按照合同约定收取许可使用费；许可使用费可以采取固定价款、从推广收益中提成等方式收取。任何单位或者个人未经植物新品种权所有人许可，不得生产、繁殖和为繁殖而进行处理、许诺销售、销售、进口、出口以及为实施上述行为储存该授权品种的繁殖材料，不得为商业目的将该授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料。本法、有关法律、行政法规另有规定的除外。