在刑事案件的侦查阶段，退赃款的程序是这样的：
当犯罪嫌疑人或者其家属等相关人员萌生退赃的意愿时，他们需要积极主动地与侦查机关（通常是公安机关）取得联系。
这一步非常关键，因为只有与侦查机关沟通好，后续的退赃工作才能顺利进行。
侦查机关会对拟退赃款的来源展开严格的合法性审查。
他们会仔细核查这些款项是否是通过合法途径获得的，坚决杜绝将通过非法手段获取的资金冒充成赃款进行退赃的情况。
只有确定了退赃款的来源合法，侦查机关才会予以接收。
并且，一般还会出具相关的接收凭证，上面会明确注明收到的金额以及具体的时间等重要信息。
倘若案件中涉及多个被害人，侦查机关会依据案件的实际情况以及相关的证据，精准地确定每个被害人应得的份额。
在整个退赃款的过程中，退赃款这一行为可以作为犯罪嫌疑人从轻量刑的一个重要情节来加以考虑。
然而，最终是否能够从轻量刑以及从轻的幅度大小，都需要由法院根据整个案件的具体情况进行综合判定。
这就要求侦查机关在处理退赃款事宜时，必须做到严谨细致、依法依规，以确保整个程序的公正合法。