遇到员工被控告犯有侵占罪行之时，作为雇主应当按照以下步骤有序进行处理：首先，务必坚实完善证据的搜罗搜集工作，包括但不仅限于财务账册记录、各类交易往来资料以及相关通讯记录等，全面覆盖员工侵占犯罪行为涉及的各个方面；其次，务必要寻求专业法律顾问的深入指导和帮助，详细了解侵占罪行可能带来的法律责任以及相应的应对策略；在此基础上，一旦证据充分明确，雇主应该毫不犹豫地向当地执法机构报案，并请求进入司法程序展开深入调查；同时，在整个过程中，雇主还需要给予警方积极配合，提供专业且详实的信息支持和证据材料；最后，直到法律程序完全结束之后，根据公司的内部规章制度以及法律法规的规定，对涉事员工进行适当的内部处理，包括但不限于纪律处分、解除劳动合同等多种方式。

《中华人民共和国刑法》第二百七十一条
公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十二条、第三百八十三条的规定定罪处罚。