在处理侵占罪案件中，司法机关（主要包括公安机关、检察院以及法院）往往担负着追回被盗取之款物的重要职责。具体操作流程如下所述：
首先，通过深入细致的现场勘查与证据搜集，以确定赃款的实际流向及其实际数量；
其次，司法机构有权依法采取诸如冻结、查封、扣押等必要手段，来进一步加强对赃款或是赃物的管控力度；若犯罪分子将赃款已然挥霍或者实现了其价值替换，此时可以尝试追回等价物予以补偿；
最后，一旦法院作出最终判决，便会根据相关法律规定，裁决是否需要返还赃款或者予以没收，而这一决定则交由执行部门负责落实执行。

《中华人民共和国刑法》第二百七十条将代为保管的他人财物非法占为己有，数额较大，拒不退还的，处二年以下有期徒刑、拘役或者罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处二年以上五年以下有期徒刑，并处罚金。本条罪，告诉的才处理。