在司法实践中，对于任何因盗窃行为而获取的作案工具，比如被用于实施盗窃活动的车辆，都应依照法律规定进行没收。
具体来说，立案侦查过程中涉及的嫌疑人和被告人均有可能为了方便实施盗窃行为而拥有自己的交通工具，包括汽车或其他物品，这些工具也会依法被视为作案工具而予以没收。
然而，如果在案件调查过程中发现被盗窃的车辆确实属于合法所有者，那么该车辆将会被退还给真正的车主。关于如何认定盗窃案中的作案工具车辆，主要有以下三个方面的考虑：
首先，若犯罪分子将盗窃所得的机动车辆作为犯罪工具，用以盗取其他财物，则该被盗机动车辆的价值将被纳入盗窃数额计算范围内；
其次，如果犯罪分子是为了实施其他犯罪而盗窃机动车辆，那么他将面临盗窃罪与所实施的其他犯罪的数罪并罚；
最后，如果犯罪分子为了实施其他犯罪，偷偷地启动了机动车辆作为犯罪工具，但在使用后又将车辆归还到原来的位置或者停放在附近，且车辆没有丢失，那么这种情况下，犯罪分子将根据其所实施的犯罪行为受到相应的加重处罚。

《中华人民共和国刑法》
第六十四条【犯罪所得、违禁品、犯罪所用物品的处理】犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。