检察院不起诉的是不会有案底的。案底是犯罪记录，如果人民法院依法审判，判处有罪的，才会有案底，检察院不起诉是不会有案底的。如果当事人有犯罪行为，但是由于法定的情形，不需要追究其刑事责任的，检察院可以作出不予起诉的决定。检察院不起诉分为以下几种:
1.法定不起诉。检察院审查起诉，发现犯罪嫌疑人具有法定情形的，应当作出不起诉决定。
2.酌定不起诉。犯罪情节轻微，不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定。
3.证据不足不起诉。检察院补充侦查后仍然认为证据不足，可以作出不起诉的决定。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条
犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。