根据检察机关不予起诉的三种情形看，被检察院决定不起诉决定的当事人是否会有案底要视具体情况而定：
1、如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底。
2、如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而且因犯罪情节轻微而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。

《刑事诉讼法》第十六条
有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
(二)犯罪已过追诉时效期限的；
(三)经特赦令免除刑罚的；
(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。