检察院不起诉又让签认罪认罚书是合法的，对于不起诉的案件，也是需要对违法行为进行认定的。犯罪嫌疑人签署认罪认罚书后，人民法院一般会依据检察院的量刑意见进行判处，但影响量刑的因素有很多，具体怎样判处依据实际案情而定。

《刑事诉讼法》第二百一十四条
基层人民法院管辖的案件，符合下列条件的，可以适用简易程序审判：
（一）案件事实清楚、证据充分的；
（二）被告人承认自己所犯罪行，对指控的犯罪事实没有异议的；
（三）被告人对适用简易程序没有异议的。
人民检察院在提起公诉的时候，可以建议人民法院适用简易程序。