非法侵占他人土地使用权这一行为属于典型的侵权行为。
当遇到这种情况时，权利人可以通过向人民法院提起民事诉讼来维护自身权益。
具体来说，权利人可以要求侵权人立即停止侵害行为，排除对自己土地使用权的妨碍，将土地恢复到原本的状态，并且要求侵权人对自己所遭受的损失进行赔偿。
倘若侵占行为的情节较为严重，那么就有可能构成刑事犯罪，在这种情况下，将由司法机关依法进行处理，对侵权人追究刑事责任，判处相应的拘役、有期徒刑等刑罚，同时还会处以罚金。
在处理此类问题的过程中，权利人一定要注意收集好相关的证据，此外，权利人还需要注意诉讼时效的规定，避免因为超过时效而丧失胜诉权，确保自己的合法权益能够得到及时有效的保护。

案情回顾:

小朱持有合法土地使用证，小李却未经许可在该土地上建造房屋，非法侵占小朱土地使用权。小朱要求小李停止侵害、恢复原状并赔偿损失，小李却辩称自己是合理使用。小朱遂收集证据向法院起诉。

案情分析:

1、小朱持有土地使用证，能证明其对土地有合法使用权，小李未经授权占用属侵权行为。
2、小李的辩称缺乏依据，其行为明显妨碍了小朱的土地使用权，应停止侵害、排除妨碍并恢复土地原状。
3、若小朱有损失相关证据，小李需赔偿。若侵占情节严重，可能构成刑事犯罪。
4、小朱注意了证据收集和诉讼时效，利于维护自身权益。