对于包庇重大刑事案件的犯罪嫌疑分子，依据我国刑法规定，应处以三年以下有期徒刑、拘役或者管制的处罚。
如若情节更为严重者，则需处以三年以上十年以下有期徒刑的惩罚。
所谓“包庇罪”，即是指明知对方系犯罪之人，却仍为其提供藏身之处、财务资助，协助其逃避法律制裁或提供虚假证言进行掩护的违法行为。
在涉及到重大刑事案件的情况下，包庇行为所带来的社会危害性无疑会更加严重。

《中华人民共和国刑法》第三百一十条
【窝藏、包庇罪】明知是犯罪的人而为其提供隐藏处所、财物，帮助其逃匿或者作假证明包庇的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑。
犯前款罪，事前通谋的，以共同犯罪论处。