非法占用耕地罪适用的刑罚有：有期徒刑、拘役，罚金。非法占用耕地罪，是指违反土地管理法规，非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏的行为。本罪具体量刑标准如下：
1、如果非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大的，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金或者单处罚金。
2、单位犯此罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，按照第1条的规定进行处罚。

《中华人民共和国刑法》第三百四十二条
非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
《中华人民共和国刑法》第三百四十六条
单位犯本节第三百三十八条至第三百四十五条规定之罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照本节各该条的规定处罚。